1、在设计微生物实验室要合理规划出各个科室，一般包括准备室、微生物培养室、器械消毒及清洗室、纯水室、检测室、菌种室、储藏室等。

2、各个科室之间应为独立区域，并且设置隔离门，在比较重要的实验室中要设立好缓冲区，进入实验室人员可在缓冲区二次清洁及更换衣物。

3、实验室(含缓冲间)围护结构内表面必须光滑耐腐蚀、防水，以易于消毒清洁。所有缝隙必须加以可靠密封。实验室内所有的门均可自动关闭。

4、除观察窗外，不得设置任何窗户。观察窗必须为密封结构，所用玻璃为不碎玻璃。地面应无渗漏，光洁但不滑。不得使用地砖和水磨石等有缝隙地面。

5、通风空调系统为直排系统，不得采用部分回风系统。

6、实验室中的家具应牢固。为易于清洁，各种家具和设备之间应保持一定间隙。应有专门放置生物废弃物容器的台(架)。家具和设备的边角和突出部位应光滑、无毛刺，以圆弧形为宜。