1.化学分类

天然培养基：指用化学成分不明确的天然物质做成的培养基，如鸡的肝脏研磨液、人的血浆。

组合培养基：又称为合成培养基或综合培养基，是一类按微生物的营养要求精确设计后用多种高纯化学试剂配制成的培养基。如葡萄糖铵盐培养基、淀粉硝酸盐培养基等。

半组合培养基：指一类主要以化学试剂配制，同时还加有某种或某些天然成分的培养基。例如，马铃薯蔗糖培养基。

2.物理分类：

液体培养基：80%～90%是水，其中配有可溶性的或不溶性的营养成分的培养基。

固体培养基：一类配制成的固体状态的基质。根据性质又分为固化培养基、非可逆性固化培养基、天然固态培养基、滤膜。

半固体培养基：指在液体培养基中加入少量的凝固剂而配制成的半固体状态的培养基。

脱水培养基：又称预制干燥培养基，指含有除水分外的一切成分的商品培养基。

3.微生物分类

选择性培养基：一类根据某微生物的特殊营养要求或其对某化学、物理因素的抗性而设计的培养基，具有使混合菌样中的劣势菌变成优势菌的功能，广泛用于菌种筛选等领域。

鉴别培养基：一类在成分中加有能与目的菌的无色代谢产物发生显色反应的指示剂，从而达到只须用肉眼辨别颜色就能方便的从近似菌落中找出目的菌菌落的培养基。例如，伊红美蓝乳糖培养基（EMB）。