生物安全柜是负压装置，通过机械通风循环形成腔体内的定向风速及洁净度，循环风不外泄或有限外泄。是对操作对象及操作人双向保护，既保护实验对象也保护人。
超净台是正压装置，通过机械通风形成洁净操作面。只保护操作对象，不保护人，所以在操作可能的病原微生物及可能的危险对象时不可使用超净台。