超净工作台和生物安全柜的主要区别如下：

1、生物安全柜是往里面吸空气，防止生物病菌或试剂溅出安全柜污染实验室和实验员，主要用来保护人体。

2、而超净工作台是往外吹风，不考虑实验室和实验员，是保证试验台无菌环境的仪器。

3、生物安全柜是一种在微生物学、生物医学、基因重组、动物实验、生物制品等领域的科研、教学、临床检验和生产中广泛使用的安全设备，也是实验室生物安全中一级防护屏障中最基本的安全防护设备。 

4、生物安全柜是一种负压的净化工作台，正确操作生物安全柜，能够完全保护工作人员、受试样品并防止交叉污染的发生；而超净工作台只是保护操作对象而不保护工作人员和实验室环境的洁净工作台。因此，在微生物学和生物医学的科研、教学、临床检验和生产中，应该选择和使用生物安全柜，而不能够选择和使用超净工作台。