洁净厂房的施工，安装时除执行国家现行的安装工程施工及验收规范外，还需执行洁净室施工及验收规范。
管道的水平安装应在技术夹层内完成，竖向安装应在管道竖井和墙内完成，尽可能减少和避免管道进入洁净区内的长度，在洁净区内最好是只见控制阀门，而不见管道。
由于安装时需注意由于车间内没有设管道竖井及技术加到，主干管均为明管，配管时一定要考虑其美观、尽量靠墙布置。支管在技术夹层内，而通风管、电缆桥架、给排水管、工艺管道共用技术夹层。在施工中一定要注意协调好各自工种相互间的关系，确定施工顺序，做到互不干扰，确保管道安装的标高、坡度、便于今后维修的原则。
管道先按施工图配到各工段房间实用点的技术夹层伤，待设备全部进场到位，确然安装无误后，方可进行二次配管，配管钱必须认真复核设备接口方位、规格、尺寸，采取先预制后安装方法进行，尽量减少洁净室内的管道、管件、阀门和支架的数量。管道穿过洁净室顶棚，楼板处应设套管，管道与套管之间必须有可靠的密封措施，并且要牢靠的固定管道措施。进入洁净室内的明管材料均宜采用不锈钢管，安装时应避免死角和盲管。
管道安装应力求布局合理、排列整齐、便于检修，控制阀安装便于操作洁净区内的明装管道，其表面要进行抛光处理，并用专用不锈钢管支座支撑，使其美观。阀门不能使用法兰阀门，应采用死扣阀门，以便不积尘、易清洗。