1、风管材质要符合设计要求，对原材脱脂工序坚持全检。
2、风管预制主要控制制作环境要符合，规定工艺是否符合设计。
3、安装过程的封闭控制以及法兰、紧固件要符合规范要求。
4、空调机组的试运转要脱开风管系统，漏风量测试。
5、洁净室壁板除检查平整度、垂直度外，主要控制密封状况，包括门窗的密封，水电气孔洞密封，以及表面清洁要使用无脱落纤维织物搽拭。
6、交叉施工，主要是自流坪施工，恒温恒湿无尘车间一定要防止施工过程产生的二次污染。自流坪地面施工，有对地坪打磨的工序，要使用自身带吸尘装置的打磨机。自流坪地面面层施工要掌握好时机，做早了交叉施工易造成损伤。尤其自地坪施工产生大量有害气体，无法排出，这时建议封闭回风口利用空调新风正压强制排气，新风口要另加装过滤器。
7、高效过滤器安装。安装前风管要先行吹扫，过滤器必须进行检漏试验，必要时全面检验，这是保证洁净度的关键工序。安装过程要符合规范要求。8、施工过程中人员流动、工器具搬移和操作人员着装要实行严格管制。
9、恒温恒湿无尘厂房地面平整度要求较高。
FFU噪声是质量控制的一个难点，规范规定房间噪音应小于等于65分贝，杨凌绿方99台FFU，噪声测试为62－68分贝，曾换过3次风机才达到65分贝以下；106厂房97台FFU，噪声测试为56－60分贝，噪音控制比较成功。噪音来源于风机运转及振动，主要是要选好厂家，并重视安装过程中隔振措施。恒温恒湿净化车间噪音过大操作人员长时间工作会造成损伤